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1月31日，卫生部部长高强在2007年全国卫生工作会议上指出，要按照政事分开、管办分开、医药分开、营利性与非营利性分开的要求，深化医疗机构管理体制、运行机制、财政经费保障机制改革，纠正片面追求经济收益的倾向。
当医药分开被正式列入医改原则，就意味着，人们曾经争议的医药分家问题已经有了最明确的结论，即医药分开的推行只是时间问题了。从许多国家的经验来看，医药分开是降低医疗费用、提升医疗服务质量的一种行之有效的模式，但是，这种模式到中国来能否取得预期效果，会不会又导致“桔生淮南则为桔，生于淮北则为枳”的结果，依然是个未知数。
理论上讲，医药分开会大幅降低医疗费用。众所周知，目前的医院主要是靠卖药来维持正常运转的，药品进入医院，表面上看，只是根据国家规定的标准加15％的利润，但由于隔着中间商，医院最终零售的药品价格是出厂价的几倍甚至几十倍，加之监管不力，医院和中间商从药品中获取了巨额暴利。如果实行医药分开，不仅医院15％的加价不复存在，中间商也没有了生存的土壤，药品价格将回落，从而使广大民众从中受益。
但是，事情远不是这么简单。在现行的运行机制下，由于财政投入不足，医院还能通过出售高价药获取的利润维持，当这个财源消失，用什么来弥补资金缺口？假如财政投入不能填补这个缺口，将导致比医药不分开时更为严重的后果。一方面，医药价格下降的幅度有限，民众得到的实惠有限。另一方面，医院将大幅度提高检查、诊断、治疗等费用，从而，使患者的负担变得更加沉重。
这种担忧并非凭空而来。去年10月，江苏省物价局推出了拟调整的部分医疗服务项目价格表，对137项医疗服务价格上调。上涨幅度最大是一项名为“免疫固定电泳”从20元升至360元，翻了18倍。有几项医疗服务费上调千元以上。医院给出的解释是：这是一个医疗服务收费结构的重大调整，可以通过医疗价格规范医疗行为，把以药养医变成以技养医。
尽管这次调价行动由于公众激烈反对没有推行，但其透露出来的倾向非常令人担忧，即有关部门所理解的以药养医乃是想通过由公众承担全部成本的方式来完成。这种思维方式倘若成为医改定势，公众就很难从医药分开中真正得到实惠，甚至还可能成为医改的受损者。
事实上，世界发达国家医药分开之所以能够取得成功，就在于其有足够的财政投入作为基础，免除了医院的后顾之忧。而在我国，财政对医疗的投入严重不足。据卫生部公布的数据，1990年政府投入在卫生总费用中占24.09%，社会投入占37.95%，个人投入占37.6%，但是到1998年政府投入下降到15.6%，社会投入占26.6%，个人投入增加了20%，达到57.89%，到2003年，政府投入只有17%，社会投入26.9%，个人将近60%。如果财政投入跟不上，医药分开就必然导致医院成倍提高检查、诊断和治疗方面的费用。
除了财政投入问题，医药分开还必须防止医院与药房勾结。一些地方曾经搞过医药分开的试点，但基本上都以失败告终。比如，山东省某医药的药房，先后被以赢利为目的的几个公司“托管”，这种医药分开导致的结果是药品价格更高了，因为药房要向医院缴纳一定的利润，还要确保自己的利润。因此，医药分开必须防止医院和药房相互勾结，联手鱼肉患者。
综上，要想使医药分开惠及民众，必须有财政投入和完善的监管来保障。