初审宣判后，新华信托投资股份有限公司不服重庆市第一中级人民法院初审判决，向重庆市高级人民法院提起上诉。2005年3月21日，重庆市高级人民法院以(2004)渝高法民终字第173号做出终审判决如下：1、维持（2004）渝一中民初字第105号民事判决书第三项；2、变更（2004）渝一中民初字第105号民事判决书第一、二项为：由被告新华信托投资股份有限公司在本判决生效后十日内返还原告西南药业股份有限公司资金9,863,897.18元及资金占用损失（以9,863,897.18元为基数，按照中国人民银行同期活期存款利率，从2000年2月29日起计付至本金付清日止）。
本案一审受理费，其他诉讼费按原判决执行，二审案件受理费65,010元，其他诉讼费9,752元，共计74,762元，由上诉人重庆新华信托投资股份有限公司承担。
本年度公司共计收到新华信托还款452,686.00元。经公司申请，重庆市第一中级人民法院于2005年下达了（2005）渝一中民执字第499-7、499-8号民事裁定书，裁定对新华信托所有的位于渝中区临江路36-69号邹容路广场B座第八至十层的房屋予以查封，查封期间新华信托不得对上述房产进行买卖过户、抵押、租赁等。重庆金地资产评估有限责任公司接受重庆市第一中级人民法院的鉴定委托对查封房产出具了重金房估（2006）字第029号房地产司法评估报告书，评估确定查封房产的变现评估价为2,024.16万元。
该事项已刊登在2005年3月31日出版的《中国证券报》、《上海证券报》和《证券时报》上。
2、1999年7月30日，瑞士豪夫迈·罗氏控股公司（以下简称：罗氏公司）向国家商标评审委员会就公司已注册“散列通”商标提交撤销申请，2001年7月，公司就罗氏公司已注册“散利痛”商标向国家商标评审委员会提交撤销申请，国家商标评审委员会2002年5月决定上述两案并案审理。
商标评审会员经审查于2005年4月26日作出（2005）第0675号裁定，维持第31613号注册商标。罗氏公司不服，向北京市第一中级人民法院提起诉讼。北京市第一中级人民法院经审理作出（2005）一中行初字第627号关于维持第1456508号“散利痛”注册商标的判决以及（2005）一中行初字第677号关于撤销第631613号“散列通”注册商标的判决。公司因不服北京市一中院做出的判决，于2006年1月向北京市高级人民法院提请上诉。2006年12月北京市高级人民法院做出（2006）高行终字第248号、（2006）高行终字第253号判决，撤销了“散列通”商标，维持“散利痛”商标
3、报告期内，公司无重大仲裁事项。
§8 监事会报告
监事会认为公司依法运作、公司财务情况、公司募集资金使用、公司收购、出售资产交易和关联交易不存在问题。
§9 财务报告
9.1 审计意见
9.2 披露比较式合并及母公司的资产负债表、利润表及利润分配表和现金流量表
资产负债表
2006年12月31日
编制单位: 西南药业股份有限公司
单位: 元 币种:人民币
公司法定代表人:李标 主管会计工作负责人:李标 会计机构负责人:陈林
利润及利润分配表
2006年1-12月
编制单位: 西南药业股份有限公司
单位:元 币种:人民币
公司法定代表人:李标 主管会计工作负责人:李标 会计机构负责人:陈林
现金流量表
2006年1-12月
编制单位: 西南药业股份有限公司
单位:元 币种:人民币
公司法定代表人:李标 主管会计工作负责人:李标 会计机构负责人:陈林
9.3 如果与最近一期年度报告相比，会计政策、会计估计和核算方法发生变化，提供具体说明。
与最近一期年度报告相比，会计政策、会计估计和核算方法未发生变化
9.4 重大会计差错的内容、更正金额、原因及其影响。
1、转让大易制药10％股权收益，2005年12月29日公司与太极集团有限公司（以下简称“太极集团”）签署了《股权转让协议书》，协议约定公司将所持重庆大易制药有限公司（现改名为“重庆大易药品研发有限责任公司”）800.94万股股权转让给太极集团。由于截止2005年12月31日该股权过户未办理完毕，公司本期进行了重大会计差错更正，冲回2005年度确认的对重庆大易药品研发有限责任公司股权转让的会计处理。
该项重大会计差错将调减2005年度净利润7,702,723.34元，调增期初长期股权投资1,698,614.87元，调增期初预收账款21,494,450.00元，调减期初应交税金1,359,304.12元。调减期初盈余公积1,540,544.66元，其中调减法定公益金770,272.33元，调减年初未分配利润6,162,178.68元。
9.5 如果与最近一期年度报告相比，合并范围发生变化，提供具体说明
公司报告期内无合并报表范围发生变更的情况
9.6 新旧会计准则股东权益差异调节表
重要提示
本公司于2007年1月1日起开始执行财政部于2006年颁布的《企业会计准则》（以下简称“新会计准则”），目前本公司正在评价执行新会计准则对本公司财务状况、经营成果和现金流量所产生的影响，在对其进行慎重考虑或参照财政部对新会计准则的进一步讲解后，本公司在编制2007年度财务报告时可能对编制“新旧会计准则股东权益差异调节表”（以下简称“差异调节表”）时所采用相关会计政策或重要认定进行调整，从而可能导致差异调节表中列报的2007年1月1日股东权益（新会计准则）与2007年度财务报告中列报的相应数据之间存在差异。
会计师事务所对新旧会计准则股东权益差异调节表的审阅意见
重庆天健会计师事务所
PAN-CHINA (CHONGQING) CERTIFIED PUBLIC ACCOUNTANTS
重天健审［2007］171号
关于西南药业股份有限公司
新旧会计准则股东权益差异调节表的
审阅报告
西南药业股份有限公司全体股东：
我们审阅了后附的西南药业股份有限公司（以下简称贵公司）新旧会计准则股东权益差异调节表（以下简称“差异调节表”）。 按照《企业会计准则第38号—首次执行企业会计准则》和“关于做好与新会计准则相关财务会计信息披露工作的通知”（证监发[2006]136号，以下简称“通知”）的有关规定编制差异调节表是贵公司管理层的责任。我们的责任是在实施审阅工作的基础上对差异调节表出具审阅报告。
根据“通知”的有关规定，我们参照《中国注册会计师审阅准则第2101号－财务报表审阅》的规定执行审阅业务。该准则要求我们计划和实施审阅工作，以对差异调节表是否不存在重大错报获取有限保证。审阅主要限于询问公司有关人员差异调节表相关会计政策和所有重要的认定、了解差异调节表中调节金额的计算过程、阅读差异调节表以考虑是否遵循指明的编制基础以及在必要时实施分析程序，审阅工作提供的保证程度低于审计。我们没有实施审计，因而不发表审计意见。
根据我们的审阅，我们没有注意到任何事项使我们相信差异调节表没有按照《企业会计准则第38号—首次执行企业会计准则》和“通知”的有关规定编制。
重庆天健会计师事务所 中国注册会计师：龙文虎
有限责任公司 中国注册会计师：王成彬
中国·重庆
二○○七年三月十五日
股东权益调节表
单位:元 币种:人民币
公司法定代表人:李标 主管会计工作负责人:李标 会计机构负责人:陈林