但也不能忽视，股市运行也出现了一些非理性现象。一方面，股市出现了普涨格局，不仅业绩好的公司股价稳步提高，大量业绩平平甚至亏损的上市公司在借壳重组、资产注入等消息的刺激下，股价也随之大幅飙升；另一方面，随着市场不断活跃，大量新投资者涌入股市，其中一些投资者风险意识和风险承担能力薄弱，有的甚至动用生活必备资金入市炒股。与此同时，股市的违法违规现象也有所抬头。这种状况，既不利于资本市场长远健康发展，也不利于投资者长期分享上市公司发展成果，甚至可能给经济发展、社会和谐带来不良影响。
针对股市运行的态势，证券监管部门和有关政府部门出于促进市场长期健康发展、保护广大投资者根本利益的考虑，出台和实施了一系列政策和措施：中国证监会于5月11日和23日两次发出加强投资者教育、防范市场风险的通知，从充分揭示风险、强化市场监管角度，对开展投资者教育工作做了系统部署；监管部门、公安机关、检察机关进一步加大证券市场违法违规行为的打击力度，并重点查处了杭萧钢构违规信息披露和股价异动案件，吉林敖东、延边公路信息披露和内幕交易等证券违法犯罪案件；人民银行于5月18日同时调整利率、准备金率和汇率浮动区间；银监会加快推动QDII工作以分流股市资金；5月29日财政部宣布提高证券交易印花税税率。这些政策措施以市场化原则为导向，以经济手段和法律手段为依托，直接或间接作用于股市，对抑制市场过分投机炒作，防止股市泡沫过度积累，防范化解风险，维护股市长期向好的发展趋势产生了积极的作用。
客观地讲，从近期政府实施的政策措施来看，无论是政策组合、实施时机，还是政策力度，应该说都是正当其时，具有一定的前瞻性，取得了应有的效果。
一方面，从5月3０日提高证券交易印花税税率至６月４日的下跌行情中，大盘蓝筹股的跌幅小于同期上证指数的跌幅。前期炒作气氛浓厚的低价股、题材股普遍下跌，ST绩差股的风险有所释放，市场结构分化的趋势进一步显现。另一方面，印花税的调整增加了市场短期投机的成本，投资者尤其是新入市投资者增加了对股市风险的认识，价值投资理念进一步增强，股市单边上扬的预期有所改变。尤其值得一提的是，此次印花税税率调整没有事先被“消息灵通人士”所获悉，保证了所有市场参与方的信息公平，防范了政策制定与执行中的道德风险。投资者在消息出台后乃至此前对风险的及时防范，也反映出长期投资者教育的效果已初露端倪。
当然，此次印花税税率调整过程中，一些投资者对政府政策意图有所误解，甚至产生了短期和局部恐慌情绪，这也说明政府有关部门与市场之间的信息交流机制还不够完善，政策释疑解惑和正面传导方面的工作仍有改善的余地。
除了直接的政策效果，近期包括上调印花税税率在内的一系列政策措施的实施以及由此而形成的市场反应，给市场各参与方都留下了更多其他的宝贵经验和值得思考的东西。
首先，股市作为市场经济中资源配置的核心场所，作为宏观经济调控的敏感区域，各国政府都会通过不同的方式、手段对其进行规范、推动、引导和调控，以兴利除弊，促进市场健康发展。我国股市仍处于“新兴加转轨”的阶段，市场基础还比较脆弱，风险防范和化解的自我调节机制尚未完全形成。在特定阶段市场运行有可能偏离健康轨道时，需要有关政府部门通过政策加以引导，以弥补“市场失灵”，促进市场健康稳定发展，这是广大投资者的根本利益所在。
其次，在针对股市内在缺陷和固有风险制定和实施股市调控政策措施时，政府部门要充分做好政策解读和沟通引导工作，使投资者形成稳定的政策和心理预期。当前，要积极推动优质大型企业和中小企业上市，进一步引导H股、红筹股公司在A股市场上市，增加国有股权的流动性，促进国有资产的战略调整，推进债券市场的发展和金融衍生产品市场的发展，大力发展多层次市场体系，通过增加优质股票的供给，扩大供应量。要进一步加强监管，严厉打击违法违规行为，揭示市场风险，大力开展投资者教育，严查信贷资金违规入市，防止热钱流入股市。
再次，股市的健康发展，同样离不开良好的舆论环境。新闻媒体客观、理性的分析评论，对稳定投资者情绪的作用不容忽视。如果任由一些不负责任的媒体任意杜撰，肆意造谣，传播不实消息，只会加深投资者的误解甚至情绪的对立。因此，作为新闻媒体，不但要加强自律，而且要强化责任意识，引导投资者正确理解政策意图，共同培育理性健康、和谐文明的股市文化。同时，有关部门要加强对新闻媒体的监管，对违犯规定，制造谣言，扰乱市场的媒体及当事人严肃处理，以维护市场正常的舆论氛围。
最后，应该认识到，尽管我国的股票市场发展已经有了一定的基础，但波动是股市永恒的主题，风险永远是收益的伴侣，牛市也有波动的风险。投资者在投资股市、分享经济发展成果的同时，要充分认识到没有只涨不跌的市场，也没有只赚不赔的投资产品。始终牢记“入市有风险，投资须谨慎”，在投资中保持清醒。