1、环保设施市场化运营的定价机制没有形成。城市环保设施市场化运营的核心是定价，更进一步地说是运行维护的费用分担问题。企业要追求利润最大，公众则希望少交钱，如何保证在公平的前提下，提高城市环保设施的效率，关键看政府。目前，国内城镇供水价格虽然不断调升，但总体水价仍然偏低，新的计价方法也刚刚开始推行。污水处理费更低，部分城市尚未开征；自备水源的污水处理费收缴率也低。部分城市垃圾处理收费没按经营服务性收费管理，仍按行政事业性收费；收费标准低。从2002年171个城市开征垃圾处理费的情况看，所收费用仅约为收集、运输和处理费的50%，有的城市仅占20%；收缴率低，居民的缴纳率仅为20%。究其原因，主要是难以确定事实上的垃圾产生者，无法按量收取垃圾费；垃圾收费缺少载体。由于收费制度落实得不好，垃圾处理的运营费用也就得不到保证。理想的环境服务价格或定价机制包括：价格合理，消费者能接受；环保设施运营企业有相对稳定的收入；有合适的载体，操作简便。定价机制是一个非常复杂的问题，不可能一步到位，只有经过不断调整才能实现各方易于接受的目标。
2、企业改制还未全面推进。全国大多数城市的供水、污水处理和垃圾处理还没有全面开展产权改革，政企不分、政事不分的现象仍然普遍存在。即使改了制，还是按原来那种管养不分、财政全额拨款的事业体制运作，没有形成名副其实的独立核算、自收自支、自负盈亏的经济实体。目前政府投资建设的大部分污水处理厂一般由设计院设计，由于设计院一般不从事污水处理厂的运营管理，缺乏从方案设计上降低成本的考虑，也缺乏评估与成本核算。原有的效率低下、人浮于事等问题，虽引入一定的竞争机制，但仍不完善。许多传统的企业，不是具有一定实力和经验的资本主体，缺乏业绩和信誉，不具备在资本市场上融资的资格，没有足够的资金进行投资。城市环保设施运营主体的“缺位”，是环保设施运营效率低下的主要原因。
3、适应社会主义市场经济体制的投融资机制尚不健全。城市环保设施改革的目标是多赢。要用政府、投资人、公众“多赢”的理念建设和经营城市环保设施。政府满意体现在国有资产不仅能保值还能增值，在改善居民生活质量的同时，减少政府的财政支出，并提供一定的就业机会。用户满意是指以较低的支出（包括供水、污水和垃圾处理费用）得到高质量的服务。企业满意则要求有合理的回报、员工身份的顺利置换、获得成长空间和财富增值机遇，实现企业的可持续经营。
从总体上看，我国以政府为主的投资方式没有得到转变：一是没有形成政府投资和社会投资的合理分工。政府的宏观管理难以适应环保设施建设和运营的市场化要求。二是行政审批替代了投资决策；投资管理不到位，宏观管理体系不健全。政府既是投资者，又是运营者、监管者，政企不分，政事不分，影响政府在环保设施上的投资效益。三是缺乏科学、严格的管理，缺乏项目投资风险约束机制。四是市场对资源的配置作用还没有充分发挥。项目投资主体一般由政府指定，项目法人责任制、招投标制、监理制、合同管理制等市场运作机制不健全、不规范，竞争机制没有真正建立。五是现行融资渠道狭窄，方式单一，缺乏专门的融资服务的金融机构，难以适应快速发展的城市建设需求。六是服务价格体系改革不到位，运营主体的经济效益普遍不佳，传输效率低下，劳动力使用率低下。
4、与市场化改革要求相适应的管理体制有待进一步完善。有关管理部门还没从原来的管理思路、方式和重点中完全解脱出来，真正转到对市场化投资主体运营过程、服务质量的监管；现行管理体制，缺乏明确的责任界定和责任追究机制，忽视了对环保设施监管的公众责任；从中央到地方切实可行的管理办法和手段少；国有资产管理部门仍按照管理竞争性行业的思路管理这个具有公共物品属性的行业；部分地方政府没有明确规定行业的牵头部门。主管部门的责权利不清晰，存在政出多门、职责交叉、管理真空等现象；没有机构或团体对政府行为进行有效监督。这些问题说明，适应市场化改革需要的行业管理体制的建立完善，还需要一个过程。
5、现行的政策法规存有缺陷。现行的政策法规虽然有了基本框架，但尚未形成体系，缺乏全盘、长期、系统的考虑和安排，临时补缺性的政策较多，重复或互有矛盾的情况已有出现；某些政策存有不足（如特许经营政策、管网投资政策等）；缺乏激励机制、优惠政策、国有资产考核管理政策及具有可操作性的配套政策措施等。最主要的问题是，环保设施运营和管理的主体，在法律上没有确定为非营利机构，按营利机构运作势必追求利润最大化，这个问题不解决，难以解决城市环保设施的运营问题。
6、各地区市场化改革发展不平衡。据建设部2005年市政公用行业市场化调研资料，直辖市的改革缓慢，已经改革的项目以大型项目为主；东北地区的改革也较慢，改革项目规模多为中小型供水项目；中西部地区资金短缺，地方政府改革心切，进行改制或市场化改革的以供水项目为多；沿海地区对投资者有较大吸引力，是市场化改革的先驱。