2006年5月，刘贵亭因涉嫌挪用公款和受贿被公安部通缉，此后的6月9日在深圳被捕。2008年1月16日至18日，经最高人民法院指定管辖，广州铁路运输中级法院在衡阳铁路法院公开开庭审理刘贵亭挪用公款、贪污、受贿及单位行贿一案。
公诉机关指控刘贵亭，在1997年至2005年期间，利用职务上的便利，单独或伙同他人先后多次挪用公司资金11499万余元、贪污公司资金1982.93万元，并在经济往来中收受他人贿赂50万元。
此外，在2000年至2006年期间，刘贵亭为了给S*ST北亚谋取不正当利益，先后数次向国家工作人员行贿美元32万元、人民币202万元。贿赂主要指向北京铁路局原局长李树田、黑龙江证监局原局长丁若鹏等官员。2008年1月15日，经最高人民法院指定管辖的承德市中级人民法院对李树田以及其妻子王书琴以受贿罪分别判处有期徒刑13年和5年。
1992年7月创立的S*ST北亚是由哈尔滨铁路局等12家企业发起，以定向募集方式联合其他28家国有大、中型企业设立的股份有限公司，并于1996年5月16日以“铁路概念第一股”挂牌上市。上市后，S*ST北亚即因“超常发展”而成为资本市场的“明星”。在短短几年时间里，S*ST北亚的投资遍布全国，行业涉及铁路运输、纸浆生产、贸易、乳业、金融、物流和房地产等多个方面，窟窿也越来越大。
现在回过头去看，刘贵亭涉嫌犯罪利用的正是这种“超常发展”。
自从1999年离开哈尔滨铁路局而调任S*ST北亚副董事长后，刘贵亭就开始推行他的强人政治，S*ST北亚重大事情基本上是他一人说了算。在S*ST北亚干部大会上，由刘贵亭提拔的人员公开要求中层干部们遵守“一个核心、两个服从、三个遵守、四个不要”的原则。“一个核心”，就是以刘贵亭为核心，对其负责，把工作做好；“四个不要”，就是“不该说的不要说、不该听的不要听、不该看的不要看、不该问的不要问。”最终，“一言堂”之下的S*ST北亚陷进了破产重整的深渊。