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明确金融国有资产纳入该法
这三点修改意见包括：首先，金融企业国有资产也适用本法规定。草案二审稿第二条曾规定：本法所称企业国有资产，是指国家对企业各种形式的出资所形成的权益。金融企业国有资产的管理与监督，法律、行政法规另有规定的，依照其规定。而有常委会组成人员提出，该条对金融企业国有资产是否适用本法规定的不明确。法律委员会建议在第二条中只规定：本法所称企业国有资产，是指国家对企业各种形式的出资所形成的权益，也即明确了包括金融企业国有资产在内。
同时，为了与商业银行法、银行业监督管理法、证券法、保险法等法律和有关行政法规对金融企业的特别规定相衔接，法律委员会建议在“附则”中规定：金融企业国有资产的管理与监督，法律、行政法规另有规定的，依照其规定。
其次，三审稿单列一条对企业职工民主管理、民主监督的权利作了规定。
第三，三审稿第三十四条规定，重要国有资本控股公司的合并、分立、解散、申请破产以及法律、行政法规和本级政府规定应该由履行出资人职责的机构报经本级政府批准的重大事项，履行出资人职责的机构在向其委派参加公司股东会、股东大会会议的股东代表做出指示前，应该报请本级政府批准。而原稿仅规定以上重大事项应当由履行出资人职责的机构事先报请本级政府批准。
从严把握国企董事长兼任
此外，在原企业国有资产法的二审稿中，还规定了以下重要事项：
明确出资人定位。此前草案规定，国务院和地方人民政府国有资产监督管理机构，以及政府授权的其他有关部门、机构，代表本级政府履行出资人职责。二审稿将上述规定修改为两款，分别规定：“国务院国有资产监督管理机构和地方人民政府按照国务院的规定设立的国有资产监督管理机构，根据本级人民政府的授权，代表本级人民政府对国家出资企业履行出资人职责。”“国务院和地方人民政府根据需要，可以授权其他部门、机构代表本级人民政府对国家出资企业履行出资人职责。”
从严把握国企董事长兼任。原国有资产法草案第二十五条第二款规定：“国有独资公司的董事长和经理不得由同一人担任。履行出资人职责的机构不得建议同一人担任国有控股公司的董事长和经理。”针对有些地方、部门和企业提出，国有独资公司的规模大小等情况有较大不同，目前地方一些中小型国有独资、国有控股公司的董事长和总经理由同一人担任的情况不少，二审稿修订为：“未经履行出资人职责的机构或者股东会、股东大会同意，国有独资、国有控股公司的董事长不得兼任经理。”
严管对子企业的出资人职责。此前草案征求各方意见时，有些常委委员和地方、部门、企业提出，一些国家出资企业投资设立的子企业规模较大，集中了不少优良资产，目前造成国有资产流失的情况不少发生在子企业。因此，国家出资企业应当参照草案第五章的相关规定，对其投资的企业严格履行出资人职责，决定或参与决定所投资企业的重大事项。为此，二审稿增加规定：“国家出资企业对其所出资企业的重大事项参照本规定履行出资人职责。具体办法由国务院规定。”
另外，在此前征求各方意见时，有些常委委员和地方、部门提出，在国家出资企业与关联方的交易以及国有资产转让等活动中，当事人恶意串通，损害国有资产权益的行为，应明确规定为无效，以防止国有资产损失。因此，二审稿规定“在涉及关联方交易、国有资产转让等交易活动中，当事人恶意串通，损害国有资产权益的，该交易行为无效。”