客运包机常态化
根据《海峡两岸空运协议》及其附件，双方同意开通台湾海峡北线空中双向直达航路，并建立两岸空（航）管部门的直接交接程序，同意继续磋商开通台湾海峡南线空中直达航路及其他更便捷的航路。两岸资本在两岸登记注册的航空公司，经许可后将可从事两岸间航空客货运输业务。
在客运包机方面，两岸将在原有周末包机的基础上，增加包机航点、班次，调整为客运包机常态化安排。大陆方面同意将在现有北京、上海（浦东）、广州、厦门、南京５个周末包机航点的基础上，开放成都、重庆、杭州、大连、桂林、深圳、武汉、福州、青岛、长沙、海口、昆明、西安、沈阳、天津、郑州等１６个航点作为客运包机航点。台湾方面同意将已开放的桃园、高雄小港、台中清泉岗、台北松山、澎湖马公、花莲、金门、台东等８个航点作为客运包机航点。
双方每周７天共飞不超过１０８个往返班次，每方各飞不超过５４个往返班次。今后将视市场需求适时增减班次。客运包机常态化安排实现后，此前的节日包机不再执行。春节期间可视情适量增加临时包机。双方还同意利用客运包机运送双方邮件。
在货运包机方面，双方同意开通两岸货运直航包机，运载两岸货物。大陆方面同意开放上海（浦东）、广州，台湾方面同意开放桃园、高雄小港作为货运包机航点。双方每月共飞６０个往返班次，每方３０个往返班次。
相互开放主要对外开放港口
在《海峡两岸海运协议》及其附件中，双方同意相互开放主要对外开放港口作为直航港口，两岸资本并在两岸登记的船舶，经许可后可以从事两岸间客货直接运输。大陆方面现阶段开放上海、宁波、秦皇岛、厦门等６３个港口，台湾方面开放基隆（含台北）、高雄（含安平）、台中、花莲等１１个港口。在船舶识别问题上，双方同意两岸登记船舶自进入对方港口至出港期间，船舶悬挂公司旗，船艉及主桅暂不挂旗。双方同意在两岸货物、旅客通关入境等口岸管理方面提供便利。
根据协议，双方按照平等参与、有序竞争原则，根据市场需求，合理安排运力。双方同意对航运公司参与两岸船舶运输在对方取得的运输收入，相互免征营业税及所得税。
分别确定两岸邮件封发局
根据《海峡两岸邮政协议》，双方同意开办两岸直接平常和挂号函件（包括信函、明信片、邮简、印刷品、新闻纸、杂志、盲人文件）、小包、包裹、特快专递（快捷邮件）、邮政汇兑等业务，并加强其他邮政业务合作。
协议分别确定了两岸邮件封发局。大陆方面邮件封发局为北京、上海、广州、福州、厦门、西安、南京、成都；台湾方面邮件封发局为台北、高雄、基隆、金门、马祖。双方可视需要，增加或调整邮件封发局，并由增加或调整一方通知对方。双方同意通过空运或海运直航方式将邮件总包运送至对方邮件处理中心，并同意建立邮政业务账务处理直接结算关系。
以上三项协议自签署之日起４０天内生效。
相互通报涉及两岸贸易的食品安全信息
两会就两岸食品安全事宜，经平等协商达成《海峡两岸食品安全协议》。根据协议，双方同意相互通报涉及两岸贸易的食品安全信息，并就涉及影响两岸民众健康的重大食品安全信息及突发事件，进行即时沟通，提供完整信息。
双方同意建立两岸重大食品安全事件协处机制，具体措施包括：（一）紧急磋商、交换相关信息；（二）暂停生产、输出相关产品；（三）即时下架、召回相关产品；（四）提供实地了解便利；（五）核实发布信息，并相互通报；（六）提供事件原因分析及改善计划；（七）督促责任人妥善处理纠纷，并就确保受害人权益给予积极协助；（八）双方即时相互通报有关责任查处情况。
这份协议自双方签署之日起７日后生效。