很多人发现了这样一个道理：市场并非总是有效的。因而价格并不总是价值的最好体现，很多公司被高估了，当然也有公司被低估了。但传统市值加权指数会被动地多买被高估的股票，少买被低估的股票，因此造成指数投资绩效的落差。现实教训以美国思科（Cisco）公司为例。1997年互联网泡沫产生之前，思科在标准普尔500指数的权重为0.3%，而到了1999年，其权重上升到3%。尽管有部分投资者意识到了思科被明显高估，但是被动跟踪指数的传统指数基金，无法调整组合中思科的权重，也只能被动地投资于像思科这些被市场高估的股票。2000年互联网泡沫破裂后，思科的股价下跌超过70%，传统指数基金无一例外地遭受了巨大的损失。
正因为这一现象的存在，美国学者罗伯特·阿诺德等人2004年率先提出了基本面指数投资理论，并由旗下锐联资产管理公司于2005年推出相应基本面指数投资产品。这一理论刚推出时受到金融理论界和投资界的广泛关注，并引发巨大争论。支持者认为基本面指数是指数化投资和主动管理的完美结合，而其反对者认为基本面指数投资不是真正的指数投资不应叫做指数。无论是支持者还是反对者都承认基本面指数策略是金融投资的重大创新。
在国际市场上，指数化投资逐步进入策略型的领域，基本面指数（Fundamental Indexation）创新性地以噪音市场假说和价格均值回归为理论基础，结合了主动投资和被动投资的优点，其凭借清晰的概念受到投资者的青睐。基本面指数推出后在实证界和应用层面也获得了很好的反响。
编制基本面指数的要点之一是筛选基本面指标，以取代传统的市值加权。这种衡量方法既有会计理论的支持，又有美国和其他发达国家历史数据的佐证。
基本面指数投资策略，通过引入与股价无关的“基本面价值”计算权重来代替市值权重。经过理论与实证研究，该策略筛选出了与市场估值无关的几项基本面指标，包括公司的现金流，销售额，毛利、分红等，根据这几项指标的排序构造权重，并加以综合构建指数。通过估计价值权重在被动投资的过程中引入主动投资的成分，打破传统市值加权指数中投资权重与市值（股价）的关联，使上市公司的真实价值在指数中得以合理体现，从而使得指数的整体收益率得到增强。
连明星基金经理彼得·林奇也感叹，只有少数基金经理能长期战胜市场。数据显示，基本面指数投资策略在美国市场取得持续长期超额收益。从1962年到2008年，基本面指数只有在70年代末的Nifty 50泡沫、90年代初的生物技术泡沫和1999年的互联网泡沫中暂时落后于市值加权指数，在其他时间都获得了明显的超额收益。世界其他22个发达国家不同市场的实证研究也表明，基本面指数在发达国家市场上的优越性是稳固的。
在不同市场环境下基本面指数投资策略都能产生长期持续的超额收益，尤其是在发达程度低的市场，其超额收益更为明显。在美国市场，基本面指数投资策略产生的年化超额收益率为2.1%，欧洲市场为2.8%，日本市场为3.1%，全球市场达到了3.6%，而在新兴市场的投资业绩则超过传统指数更多。全球各地市场的实证资料也证明基本面指数的投资绩效高于传统市值加权指数。
目前，美国已推出包括多样化股票、行业性股票、美国海外股票等数十只基本面指数基金，其中以ETF形式为主。在海外市场，通过基本面指数投资策略管理的资产在短短4年间发展到近300亿美元，是近年来规模增长最快的指数化投资产品。在国内正在发行的嘉实中证锐联基本面50指数基金问世，将填补国内基本面指数基金的空白。