上海申请自贸区由来已久。作为上海市政府的派出机构，2009年11月，上海综合保税区成立，统一管理洋山保税港区、外高桥保税区及浦东机场综合保税区。上海综合保税区被定位为上海国际航运中心的核心区域、国际贸易中心的重要载体、国际金融中心的新突破点。同期，上海低调提出在浦东建立自由贸易区的设想，并隐晦地表述为“有自由贸易区功能的海关特殊监管区”。

  资料显示，保税区是经国务院批准设立的、海关实施特殊监管的经济区域，是我国目前开放度和自由度最大的经济区域。从海关特殊监管区到自贸区，其理念与政策开放度有明显不同。上海市综合保税区管委会高层曾分析，中国海关特殊监管区与世界自由贸易园区的差距主要集中在三方面：一是监管理念，要从货物管理转变为企业管理的理念，以防多细管制；二是贸易的开放度。现有的贸易壁垒、配额限制会更为宽松；三是政策的开放度。最主要的是外汇政策和税收政策都将更加开放并具有国际竞争力。

  2011年，上海向国家有关管理部门提交了在上海综合保税区设立自由贸易园区的申请。2013年1月1日，上海在《上海市推进国际贸易中心建设条例》中，首次提出要在上海“探索建立符合国际惯例的自由贸易园区”。

  今年3月底，国务院总理李克强来到上海外高桥，鼓励上海大胆探索，研究如何在28平方公里内，建立一个自由贸易试验区，进一步扩大开放，以推动完善开放型经济体制机制。