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土地增值税可谓一波三折。1月16日，国家税务总局发布通知，要求从2月1日起正式向房地产开发企业清算30％～60％不等的土地增值税。1月17日，地产股纷纷逼近跌停。1月18日，国家税务总局专门针对土地增值税政策进行了说明，通知的出台在政策上不会额外增加房地产开发企业的税收负担，也不会加重购房者的经济负担。
但是，开发商的忧虑显然并没有就此消除。据《21世纪经济报道》披露，上海一些大型房地产开发商曾经秘密碰过一次面，“准备联合起来给市里主要领导‘上书’，希望能考虑一下企业的生存问题。”有开发商甚至坦言：“与其说是清算土地增值税，还不如说是清算地产商的命！”
开发商反应之激烈，出乎意料。根据土地增值税的征收办法，土地增值税按四级超率累进税率征收，增值额不超过扣除额50%的部分按30%征收，超过50%－100%的部分按40%的税率征收，超过100%－200%的部分按50%征收，超过200%的部分按60%征收。开发商的利润越高，适用的增值税税率越高。如果开发商的利润率比较低，反而可能因清算制度而受益。
根据国家税务总局的解释，增值额未超过扣除项目金额(包括20%加计扣除部分)20%的，免征土地增值税。也就是说，假如开发商的利润不到20%，基本上不用缴纳土地增值税，利润率低于30%的项目所承担的税负也会比过去有所减少。那么，一再声称自己利润率并不高的开发商，何以要“上书”反对土地增值税清算呢？惟一的解释就是其利润率远远高于外界所知道的数字。而根据土地增值税清算制度，毛利率超过50％的高档项目开发商的利润率将因此减少24％，恐怕这才是开发商“敏感”的真相。
《21世纪经济报道》的调查证实了这一点。知情人士一般判断上海土地增值额大多远远超过扣除项目金额的50%，“很多项目（利润率）超过了300%以上！”难怪这次开发商们要跳起来了，如此之高的利润率，按照土地增值税清算制度进行清算，开发商的利润相当一部分就得上缴，对于习惯了暴利的开发商们而言，这无异于在大块割肉。
中国房价居高不下的根源之一，就在于开发商获取的利润过高，房市调控要取得效果，必须挤出暴利的水分。土地增值税清算倘若真正落实，对房市将造成两个方面的积极影响：其一，对开发商囤积土地的一贯做法将是一个致命打击，而囤积土地一直是开发商们牟取暴利的惯用手法。其二，将能在一定程度上改变开发商片面追求高利润率的固有思维，促使整个房地产开发商逐渐步入“薄利多销”的理性时代。
问题是，土地增值税清算存在两大缺口：其一，《通知》规定，对于因未设置账簿、擅自销毁账簿、拒不提供纳税资料、账目混乱或者资料不全等造成的难以确定转让收入或扣除项目金额情况，以及未按照规定期限办理清算手续、逾期不清算等行为，税务机关“按不低于预征率的征收率核定征收土地增值税”，由于没有任何处罚，过低的成本有可能使企业故意钻空子。其二，开发商可能继续采取隐瞒利润的办法逃税。2006年11月，财政部发布第12号会计信息质量检查公告，公告显示：检查的39户房地产开发企业，隐瞒利润超过一半，利润不实33亿元。对土地增值税清算制度实行后，开发商们很可能变本加厉地隐瞒利润。
这两点尤其值得有关部门注意，提前采取防范措施。