北海港旷日持久的股权分置改革及以股抵债组合运作方案在2007年3月26日股东大会中获投票通过，其中流通股股东赞成率高达96.95%。公司由此将卸下历史包袱，站上一个发展的新起点。

　　该公司股改及以股抵债组合运作方案为，大股东北海国资委等六家非流通股东向流通股东每10股支付3.2股对价。实施对价后首个交易日，北海市国资委将以其持有的46349191股北海港股份代北海港务局偿还其对本公司的分离核算费用及“五分开”剥离资产，价格为每股2.99元，总价款为138,579,413元。北海市国资委承诺，其余1530031.66元占款在以股抵债方案实施后一月内以现金偿还。方案实施后，北海港股改、清欠一并完成，国资委也不再持有公司股权。

　　高于市场平均对价水平的股改方案显示了大股东诚意，但真正引爆北海港股价上涨的动力，显然是广西壮族自治区整合沿海港口、将向公司注入优质资产的市场预期。

　　2007年2月14日，广西北部湾国际港务集团有限公司与广西北部湾开发投资有限公司在南宁成立，广西壮族自治区党委书记刘奇葆、自治区主席陆兵亲自揭牌。据悉，北部湾国际港务集团公司是以防城港务集团有限公司、钦州市港口（集团）有限责任公司、北海港股份有限公司和广西沿海铁路股份有限公司的国有产权重组整合设立，主要经营港口建设和管理、铁路运输、道路运输等；其使命就是整合防城港、钦州港、北海港三港及沿海铁路资源，打破各自为政、各成体系、分散经营的格局。

　　记者昨日找到位于广西投资大厦23层的北部湾国际港务集团公司了解整合进展时，看到的仅是一间没有挂牌的设备简单的会议室。工作人员告诉记者，目前港务集团刚成立，还处于招兵买马、理顺各项制度阶段，对外联系电话也仅有一个。对所问到的北部湾港口整合问题，该人士表示，目前各项工作正在有序进行，负责人不在不便透露其他信息。

　　此前，如何保持北海港国有控股地位问题一度影响了其股改进程。此次股改完成后，拥有国资背景的北海港原第二、第三大股东北海市机场投资管理有限责任公司和北海市高昂交通建设有限责任公司，成为第一、第二大股东，保证了国有控股地位。