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这一年来的综合配套改革试验，不同程度上碰到了许多困惑和障碍。在有些领域，改革方案也制定了，可就是推行不下去；而有的领域，则干脆无从下手。总结并梳理这些矛盾和制约瓶颈，对于确保下一步的综改试验有着重要的意义。
最令人担心的是地方政府能否真正地根除“唯地区经济发展”和“长官意识”理念。
综合配套改革试验是中央政府提升综合国力的战略行为，从一开始就是带有全局性和长期性的国家战略的重要组成部分。因此，千万不能把改革试验的权力看成局部性优惠政策，更不能把这种权力理解为向中央要项目、要资金、要政策的借口。
为此，管理者必须扭转那种优先发展导向下的路径依赖和惯性理念，切实培育起从全国大局出发，把改革试验的主动性、积极性和前瞻性作为基本的理念。同时，要真正地把地区利益与国家利益、当前利益与长远利益有机地贯彻在改革思路之中。在实际推进改革的过程中，要讲求务实性和有效性，不能碰到问题就寻求迂回化的、短视化的应急解决思路。此外，各地区要把行政体制改革的顺利推进当作首要的任务来抓，中央政府也要建立其有效的规避地方管理者违规的约束机制、监督机制和惩罚机制。
综合配套改革是一条陌生且需不断大胆探索的道路，现行法律制度的约束将成为制约改革有效性的瓶颈。
国家综合配套改革试验区是我国经济、社会、文化发展到一定阶段的产物，是法律、政策等逐步完善而又在某些方面急需创新的产物，它的建立，会在法律、法规、政策方面产生矛盾和冲突。具体来看，不仅会导致国家不同法律体系的矛盾冲突，也会导致国家法律和地方法规的矛盾冲突，更会导致地方法规体系之间的矛盾。如果不处理好，改革就难以为继，新制度框架也无法构建。
比如，城市管理中的问题往往都发生在基层，可在浦东新区，握有综合执法权的新区政府部门往往看不到下面发生的问题，每天在处理具体事务的街道办事处和镇政府对此只能徒唤奈何。谁都明白，“看得见活的人没有能力去干，有能力去干活的人看不到这些活”很荒谬，然而，要切实处理却并不容易。因为这需要锐意突破现有的法律制度体系，而超越现有法规和体制边界的行为，总有很大的风险。裹足不前是守旧，大胆创新可能“闯祸”。
新一轮改革中将涉及多重利益的矛盾和摩擦，能否妥善处理好，将是确保改革试验效率的重要条件。
改革近30年来所形成的部门利益化，大家都心照不宣。所以，改革进入“综合配套”阶段，各地政府却没有一个超出各部门利益之上的，对改革进行总体把握、总体规划和对综合配套政策予以设计和实施的部门，不能不让人为综合改革试验的更多不确定性而担忧。
据一些实际参与方案设计的人说，推行改革方案，最棘手的就是与各部门协调利益的过程。浦东新区的行政审批制度改革已经到了第四轮，几百个事项都取消了，审批手续也大大简化了。但人员却没有削减下来，各个部门还在叫人手不够。无论改到谁头上，谁都会找出一大堆理由来推诿，这样的利益本位主义已成阻碍综改的重大瓶颈。
在地区利益和国家利益同时兼顾的条件下，在当前利益和长远利益可能冲突的背景下，能否实现适应性调整和战略性规划的合理协调，就成为确保试验成功和有效推广的重大瓶颈。
综合配套改革要求重大改革措施必须兼顾地方和国家利益，但一牵涉具体问题，情况就变得非常复杂，很可能地方决策和中央思路错位，或者不能完全对接。以保税港为例，中央政府明确认可的保税港政策，可归结为保税区、出口加工区和港口物流园区三大功能的叠加。但是，朝自由港方向的推进似乎又是其发展的一个重要趋势，这就迫切地要求试验区必须设计出一套有效的机制来确保地方利益和国家战略一致，至少目前还没有这样的迹象。
综合配套改革的基本目标是要求能够实现不同领域改革政策的协同效应，即“1+1>2”，并非多领域、多项改革的简单加总。这是一个重要警示：决不能把各项改革分离开来，得密切关注不同领域改革措施的联动效果。也正是因此，对改革试验的战略性规划、建立运行过程中长效机制，就成为必须解决的重大问题。