为了发展经济，违规审批或者跳过环保审批环节，地方政府这种保护主义的做法一直是环保部门头痛的事。有关专家认为，“三个方案”和“三个办法”使地方政府承担起节能和减排的责任。

　　今年9月底到10月底，国家环保总局、国家发改委、监察部、工商总局、司法部、安全监管总局、电监会等七部委开展联合环保专项行动。

　　督查组成员在检查时遇到一个奇怪的现象，许多涉及到需要县级环保批文的企业，很容易就能拿出环保批文，但需要省级环保批文的企业，往往很难拿出来。更“离谱”的是，有的企业开工数年，拿出来的环保批文却印迹未干。有的地方甚至以文件的形式禁止工商、环保等各类直管单位进入园区检查，还有的地方在重点企业门口挂“保护牌”。

　　环保总局环监局稽查处调研员彭凯峰称，一些地区的开发区由分管工业的副市长、副区长担任管委会主任，级别比当地的环保局局长还要高。有他们为企业撑“伞”，地方环保部门也没撤。

　　为了在环保部门与地方官员的博弈战中胜出，国家环保总局一直在呼吁改变政府考核体系。国家环保总局副局长潘岳呼吁，有关方面应抓紧时间设计一系列政策与制度去支撑科学发展观，如绿色国民经济核算体系、新的官员考核指标体系、循环经济与绿色控制的法律框架等。

　　中央对环境问题高度重视，有关部门于1999年、2002年和2003年会同国家环保总局，为将环保指标纳入政府官员考核体系做了大量的前期工作。

　　“过去，地方政府主要对GDP负责，能耗和主要污染物减排与其无关，但是，‘三个方案’和‘三个办法’把节能目标作为对省级人民政府领导班子和领导干部综合考核评价的重要依据，使地方政府的节能减排中的角色转换，由环保部门要我做，变成我主动要做。”国家清洁生产与循环经济研究中心夏训峰认为。