同年4月，证监会再次就上述办法公开征求意见。与首次征求意见时相比，办法取消了净资产要求，引入了风险准备要求，并将风险准备与券商净资本挂钩。办法设计了两个层次的风险控制指标：一是规定净资本绝对指标和相对指标及其标准，使公司业务范围与其净资本充足水平相匹配；二是引入风险准备概念，规定证券公司应根据业务规模计算风险准备，以实现对各项业务规模的间接控制，同时配合对部分高风险业务规模进行直接控制，从而建立各项业务规模与净资本水平动态挂钩机制，有效防范业务风险。
据悉，设定净资本绝对指标和相对指标的主要目的有两个：一是作为证券公司从事某项业务的资格准入条件之一，实现证券公司业务范围与其净资本水平相匹配；二是要求证券公司必须持续符合规定的净资本充足标准，以满足流动性需要并抵御潜在风险，从而保证客户资产的安全。
2006年7月，经过两次征求意见后，《办法》正式发布，并于当年11月1日实施，恰与10月底的券商整改“大限”相互衔接，这标志着《办法》成为券商常规监管期的监管指针。与征求意见稿相比，《办法》大大放宽了证券公司融资融券业务规模的净资本比例要求，同时降低了承销业务和资产管理业务的风险准备要求，为券商发展业务留足空间。
2007年8月，证监会发出通知，对证券公司净资本计算标准做出调整。其中，证券公司自营股票投资和“其他股权投资”的净资本扣减比例均被提升。这是在发布《证券公司风险控制指标管理办法》及第一版净资本计算表之后，证监会对净资本计算规则、风险控制指标及其标准、风险准备的计算比例、各项业务规模的计算口径进行的首次调整。
2007年9月，证监会开始启动修订《证券公司风险控制指标管理办法》的调研工作。修订后的《办法》日前公开征求意见。
据悉，督促证券公司年内建立风险控制指标的实时动态监控机制的工作也将得到推进。根据部署，有关部门将督促证券公司根据《证券公司风险控制指标管理办法》建立以净资本为核心的风险控制指标动态风险监控体系，同时督促证券公司在年底前完成动态监控系统的建设。（周翀）