为了防止采用差异化方法分别对长期停牌股票进行估值，可能导致公司通过操纵估值价格影响基金净值，《指导意见》还对基金管理公司在定期报告上披露与估值有关信息的内容上做出了具体规定，同时表示托管银行应切实履行估值及净值计算的复核责任，基金公司由估值日有市价的估算方法改为使用估值日无市价估算方法，导致基金资产净值变化在0.25％以上时，要求聘请会计师事务所进行审核。指导意见明确了证券业协会估值工作小组需要对停牌股票估值所采用的估值方法提出指导意见和建议，供基金管理公司参考使用，但基金管理公司不能因此免除其相关估值责任。基金管理公司采用其他估值方法的，应在定期报告中对采用理由和该方法与行业普遍采用的估值方法的差异进行披露。
在9月16日基金按照《指导意见》修正净值前，重仓云天化的基金有：华商领先企业、东吴价值成长双动力、博时价值增长2号、申万巴黎盛利精选、光大保德信红利；重仓盐湖钾肥的基金有：嘉实稳健、国富弹性、南方稳健、南方稳健二、嘉实主题；重仓长江电力的基金有：富兰克林国海弹性、基金裕阳、宝盈泛沿海、大成蓝筹稳健、博时第三产业。这些基金在9月16日当日的净值出现了较大跌幅，其中，华商领先、东吴双动力两只基金净值下跌超过10%。
从基金通用的指数收益重估法来看，截至11月12日根据各自相应证监会行业的同期跌幅，长江电力参考跌幅为47.29%，盐湖钾肥的参考跌幅为30.91%。从云天化复牌情况看，复牌当日没有放开涨跌幅，并且仍采用指数法作净值估算，如果其他基金复牌均采用云天化的方式，那么持有长期停牌基金的套利机会存在于行业涨跌和个股涨跌间差异。比如，如果预计股票复牌后其跌幅小于相应的证监会行业跌幅，则可以在预计跌停板打开前买入持有该股比例较高的基金，等该股有活跃市场且用市价估值时卖出基金套利。
市场中ETF基金申请豁免了净值修正，也就是说对于ETF基金来说长期停牌的股票仍采用停牌前的收盘价计算净值，投资者预期到这些股票复牌后可能会出现大幅下跌，因此其二级市场呈折价走势。如果盐湖钾肥和长江电力在今年还没有复牌，那么根据指数编制规则，可能红利ETF、50ETF、180ETF都会受到成份股调整的影响。