“现代市场经济，特别是在资本市场上，大型公司对其下属经营单位控股权和经营权的获取是一个最重要、最基本的政策，它的战略、管理、技术、品牌都是建立在控股权和经营权基础上的。因此，招商局把获取控股权、经营权或应有的权益做为集团的一项重要工作。”秦晓说。
在外部整合中，近年来，招商局主要做的工作就是深圳西部港口的整合。2000年2月，收购了鹏利集团原持有的凯丰码头20%的股权；2001年3月，从光大集团收购了经营妈湾港1－4号泊位的海星码头的33%股权；2004年，收购了持有深圳西部妈湾港、海星港主要股权的南油集团，成为招商局最终全面完成深圳西部港口外部整合的关键一役；2005年，收购了中远集团持有的蛇口集装箱码头17.5%的股权；2006年12月，招商局又以31.7亿元，对蛇口集装箱码头一、二、三期的股权进行了重组，并收回了原来委托给香港现代货柜码头的对SCT一期的管理权，对SCT一、二、三期统一进行管理，基本完成了西部港口外部整合的大部分工作。目前，招商局仍在就其它一些股权的收购、整合工作进行着努力。
经过重组调整后，企业具备了新的发展的基础，同时又适逢外部经济总体环境的转好，招商局管理层果断地抓住机遇，于2004年提出了“再造一个招商局”的目标，即：用五年时间，使招商局到2008年，资产、收入、利润等主要指标都较2003年底的数据翻一番。这一五年目标，又只用三年，在2006年底就实现了。
据统计，从2003年底到2006年底，公司总资产稳步增长，从的529.3亿元增加到1143.3亿元，增幅116%。母公司净资产从172.5亿元增加到352.2亿元，增幅104.2%。因招商局国际、招商银行、招商地产等公司股价上涨及招商轮船上市，净资产市值从419.6亿元增加到1290.8亿元，增幅达207.6%。