难题一：覆盖对象如何确定
业内人士介绍，存款保险制度将采用强制保险模式。据此，所有符合条件的银行类存款保险机构均需进入这个体系，缴纳保费，并获得存款保险制度的保护。但此中仍存的问题是，符合条件的“红线”将划在哪里？
“总体上讲，我国的金融改革近几年取得了很大进展。但我们仍有很多中小金融机构资本充足率仍不达标，有一些甚至资不低债。比如一些地方的城市商业银行、农村信用社等等。”一位业内专家称。他随即提出疑问：现在这些机构仍在重组改革过程中，如果当存款保险机构成立时，他们仍未达标，要不要吸收他们进来？
一个显见的事实是，依据存款保险制度的法理，当这些机构资不低债时，即达到破产边界，存款保险机构即需要给予其救助。这样一来，其成立伊始，尚未从这些机构中获得保费收入即需为其经营不善“埋单”，存款保险机构将为此背上很大的财务负担。
另一方面，如果存款保险机构不吸纳这些机构进来，又在一定程度上违背强制保险的原有之意，违背公平。资料显示，中国目前的农村金融系统仍背负数千亿的不良资产，对于农村金融市场发展来说，消除这些包袱让其轻装上阵，仍是一个紧要课题。现在的问题是，是否应由存款保险机构来担此重任。
并非没有前例。事实上，2006年成立的投资者保护基金公司即照此模式运行。其成立之初，即接管了几家达到破产边界的证券公司，并为其垫付了个人债权资金。上述资金由其向中央银行申请再贷款获得，并约定于日后归还。
不过与数量上百亿的券商债务相比，假如遵循上述模式，存款保险机构担负的将是上千亿的债务负担，对这些机构的救助，将会在一定意义上造成基础货币的大量投放。在我国目前流动性过剩的背景下，其对货币政策效果的影响要进行特别评估。
对此，一位业内专家指出，中国可以在一定程度上牺牲存款保险制度的理论统一性，在统一纳入存款体系的同时，对不同的机构实施不同的标准。“尽管其已资不低债，仍可允其不予破产，而是给予其重组，引进新战投的机会。而其所缴纳保费也可先由国家财政垫付。”但他强调，这样一来，也会同时导致被保机构的道德风险。
难题二：存款保险机构如何定位
纵观各国存款保险制度，存款保险机构都是一个准监管机构。于是随之而来的问题是，中国的存款保险机构是否也应如此定位。如果这样，其所面临的一些法律和实践难题则将迎面而来。
据悉，相关部门最初对存款保险机构的定位是成立一家类似联邦存款保险公司（FDIC）的存款保险公司。就在去年8月，中国人民银行与FDIC签订了谅解备忘录，双方约定，将在金融服务、存款保险、促进银行业稳健经营、开展人员交流与培训以及信息经验交流等方面进行合作。
在美国的法律体系中，FDIC并非一家单纯的保险公司，其还享有对投保银行的财务检查、风险稽查等准行政权力。但与美国相比，中国如采用公司制，则将面临法律方面的障碍，因为依据中国法律，如果没有法律层面的授权，任何一家公司都不能行使行政权力，在这一点上，仅有行政法规规定还不行。
而如果采用委员会式的事业单位制，存款保险机构虽可解决行政权力的问题，但其在投融资方面，今后将会遭遇很大困难。不仅如此，在中国目前已形成银、政、保三者相结合的金融监管体系，而存款保险委员会的出现，无疑将在这一监管体制上再添叠屋架构之嫌，且与今后监管统一化的趋势不符。存款机构定位遂面临两难之选。
一位业内人士表示，从目前来看，成立类似美国FDIC的一家存款保险公司目前来看，仍相对可行。因为如采用委员会，将会进一步增加政府的机构设置，与国家进一步精简机构的精神不符。另一方面，存款保险制度目前出台已相对迫切，采用公司制相对更便利操作。
至于其所需行政权力，可考虑将该机构纳入央行和银监会的联合监管之下，届时可以委托行政的方式行使。而存款保险公司也可从央行以及其他途径获得融资，用于对那些正在进行市场退出的机构进行拯救。央行亦可从这种监管中，防止投保机构的道德风险。